Boca Juniors fue fundado en Buenos Aires el 3 de abril de 1905, en una década fundacional en la que se crearon no menos de 300 clubes de fútbol. Para entonces hacía casi cuarenta años que se practicaba el fútbol en la Argentina y catorce años desde la creación de la liga amateur, la más antigua del mundo luego de la inglesa.

La fundación de Boca Juniors fue obra de seis adolescentes, hijos de italianos y vecinos de La Boca, barrio de trabajadores inmigrantes y fuerte identidad genovesa ("xeneize" en dialecto): Esteban Baglietto, Alfredo Scarpatti, Santiago Sana, Tomás Movio y los hermanos Juan y Teodoro Farenga. Baglietto, Scarpatti y Sana, eran compañeros en la Escuela Superior de Comercio (Carlos Pellegrini desde 1908), ubicada entonces en la calle Bartolomé Mitre 1364. Allí tenían como profesor de educación física, al irlandés Paddy Mac Carthy, uno de los precursores del boxeo en Argentina, quien también había sido futbolista y que inculcaba en sus alumnos el valor del deporte, a la vez que les enseñaba las técnicas del boxeo y del fútbol. El director del colegio, el profesor Santiago Fitz Simon, fue uno de los pioneros en la Argentina, en la inclusión de la educación física y del deporte, como disciplina sistemática en la educación de los jóvenes.

Los tres jóvenes llevaron al grupo de amigos del barrio, la propuesta de crear un club de fútbol, a la que adhirieron inmediatamente los hermanos Farenga. El lunes 3 de abril, luego de finalizadas las clases, los cinco adolescentes se reunieron en el sencillo hogar de Baglietto en Ministro Brin 1232 para concretar el proyecto, pero el padre los echó de la casa debido al alborto que generaban los muchachos. Entonces los cinco cruzaron la calle para continuar la reunión en la Plaza Solís y ese mismo día, en uno de los bancos del parque, fundaron un club de fútbol que llegaría a ubicarse entre los más prestigiosos del mundo. A continuación acordaron que Estéban Baglietto, un menor de edad, sería el primer presidente. Pero por esa misma razón recapacitaron luego, y pocos días después tomaron la decisión de nombrar presidente a Luis Cerezo.

Boca tuvo tres o cuatro camisetas antes de adoptar la definitiva, de color azul con una amplia banda amarilla horizontal. En su página web el club informa que existe una versión, no verificada con certeza, que cuenta que la primera camiseta fue de color rosa y que se utilizó solo en los dos primeros partidos. Sin embargo, reportajes hechos a fundadores y primeros socios coinciden en que el equipo adoptó una camiseta de fondo blanco con rayas verticales muy finas de color negro, que confeccionó la hermana de los Farenga. Luego hubo una celeste, y más tarde una de líneas finitas blancas y azules.

En 1907 Boca abandonó la camiseta que había utilizado desde 1905. La tradición oficial relata que un equipo del barrio de Almagro (algunos dice que se llamaba Nottingham de Almagro, otros dicen que se llamaba Boedo) poseía una casaca parecida y que, para resolver la cuestión, decidieron jugar la camiseta en un partido. Boca perdió y debió cambiar los colores. Del hecho no se han encontrado pruebas documentales.

La elección de los colores definitivos del equipo fue dejada al azar. Juan Brichetto, presidente del club el año anterior (lo sería nuevamente en 1910-13), propuso adoptar los colores de la bandera del primer buque al que él le diera paso al día siguiente; Brichetto era operador de uno de los puentes del puerto. El barco resultó ser sueco y fue así que el club adoptó los colores azul y amarillo ("azul y oro") de la bandera sueca. Sin embargo no fue esa la camiseta definitiva, pues hasta 1913 Boca utilizó un diseño de fondo azul con una franja diagonal de izquierda a derecha. Ese año el club decidió un nuevo diseño, que con pocas diferencias sería mantenida en adelante: azul, con una amplia franja horizontal amarilla al medio.

El primer partido que disputó Boca, fue el 21 de abril de 1905; un amistoso contra el club Mariano Moreno utilizando la indumentaria rosa (otras fuentes dicen que usó la blanca con tiras negras). El partido se jugó en la Dársena Sur y Boca se impuso por 4-0, con dos goles de Juan Farenga, uno de su hermano José Farenga y otro de Santiago Sana.

Boca Juniors ingresó al campo con la siguiente formación: Esteban Baglietto (arquero, fundador y presidente), José María Farenga (fundador y tesorero), Santiago Sana, Vicente Oñate, Guillermo Tyler, Luis De Harenne, Alfredo Scarpatti (secretario), Pedro Moltedo (protesorero y capitán), Amadeo Gelsi (vicepresidente), Alberto Tallent y Juan Antonio Farenga (fundador y capitán general).

Después de varios amistosos, Boca Juniors comenzó a participar en ligas menores: en 1905 se inscribió en la Liga de Villa Lobos. En 1906 se inscribió en la Liga Central, ganando la Copa Reformista, la más antigua que posee el club. En 1907 participó de la Liga Albión, también obteniendo el certamen. Ese mismo año actuó en el torneo organizado por la Asociación Porteña, en la que también actuaba el Universal de Montevideo, contra quien jugó su primer partido internacional el 8 de diciembre de 1907, perdiendo 0-1.

Durante muchos años el club se desenvolvió con las muchas carencias características de un barrio obrero, sobre la base del esfuerzo voluntario de sus miembros. El acta más antigua que se conoce (20 de febrero de 1906) registra la siguiente anotación, demostrativa de las carencias, pero también del sentido del humor de los jóvenes dirigentes: "El señor Farenga dice que habiendo conseguido un amigo para que teja la red sin cobrar un solo peso, propone que se reúna la suma de dinero necesaria para comprar el hilo, moción que es aceptada por todos, excepto por J. Brichetto, que donara el material necesario. Cerezo donara las agujas para tejerla y Pedro Sana traerá un pedazo de red que servirá para las circunstancias."